到這季開始時，X檔案已是家喻戶曉的科幻影集了。雖然仍被某些人認為太過偏激，但在金球獎艾美獎紛紛獲得肯定。第四季仍是過去一貫的風格，但加入了許多穆德、史考莉的個人生活。在該季中，“黑油”“天花蜂”的出現使有關“真相”的調查變得更加坎坷而且撲朔迷離。另外一重大發展則是史考莉發現自己患有癌癥，住院治療，病情雖穩定住，但仍有危險。本季也介紹了癌人的年輕時代，向觀眾交待他的歷史。本季也包括了一集喜劇，相信看過的朋友都知道。本季結束于穆德在從阿拉斯加調查回來后對生命絕望，因而舉槍自殺。